Japán szentélyépítészete több ezer évre tekint vissza. A két legősibb szentélytípus az Izumoban található szentély Taisha Zukkuri stílusa (Izumo Taisha), valamint a Kyotoban található Kamigamo szentély. Az előbbi Japán legmagasabb építménye volt az ókorban, a régi krónikák leírásai szerint. A másikról azt jegyezték föl 1500 évvel ezelőtt, hogy egykor a Kyotótól északra fekvő Isten-hegyen (Ko-yama) állt az ősi templom, fent a hegyen, egy kőoltár. Ezeket a régiségeket a shintó szentélyek őrizték meg.

Mintegy 1200 éve, az Aszuka-kultúrában honosodott meg a buddhizmus, ami nemcsak vallási jelentőségű volt, hanem magával hoza a kínai civilizációt is. Fellendült a templomépítészet, a kegyhelyek száma megnőtt. Ebből a korból származó építmény a Nara közelében épült Horjúdzsi-templom, ami (1949-ben leégett). A többször restaurált műemlékek máig őrzik az ősi kínai faépítészet jellegzetes vonásait. Az épületek aszimmetrikus elrendezése viszont tipikus japán vonás.

A Nara-korszak építészetében is megőrizte a Tang-hatást, mivel a város alaprajza sakktáblaszerű. A hagyományok őrzője a sintó vallás volt, egyszerű szerkezetű szentélyeivel, a tetőzetet mélyre süllyedső oszlopok tartották.

A Heian-korban (794-1185) Heiankjó (Kiotó) város is a Tang-hatás alapján épült fel, és megszületett a nemzeti művészet. A japán arisztokrácia igénye igyekezett ellensúlyozni a szerzetesek kizárólagos befolyását a kultúrában. A virágzó buddhizmus több ágra szakadt, közülük az ezoterizmus hozott új építészeti alapelveket. Már nem a szimmetria dominált, az épületek tökéletesen alkalmazkodtak a természethez. Ilyen például a Főnix-csarnok Udzsiban, az Amida csarnokok Kiotó mellett.

A Muromacsi-kor (1333-1573)a nevét Kiotó egyik negyedéről kapta, ahol az első sógun, Asikaga rendezte be palotáját. A zen hatás itt arisztokratikus kifinomultsággal keveredtett, például Kiotóban az Aranypavilon (Kinkaku), és az Ezüstpavilon (Ginkaku). Kialakulnak a mohakertek, az építészet szoros kapcsolatban áll a kerttervezéssel, amely régóta igen kifinomult művészet Japánban.