Japán erdői kilenc ökorégiót alkotnak, amelyek tükrözik a szigetek éghajlatát és domborzatát. Délről észak felé utazva Rjúkú- és Bonin-szigetek nedves trópusi és szubtrópusi erdeivel találkozunk először. A fő szigetek mérsékelt éghajlatú területein mérsékelt égövi lombhullató- és vegyes erdőket láthatunk, a hideg északi régióban pedig fenyveseket.

Az ötvenes és hatvanas évek gyors iparosítása közben elhanyagolták a környezet védelmét. Azóta viszont nagy erőfeszítéseket tesznek az élhető környezet fenntartásáért. Sikereket is értek el. Jelenleg legfontosabbnak a következőket tartják: a városi légszennyezés csökkentése, a szennyvíz-kezelés, a vizek túlságos feldúsulása tápanyagokkal ("algásodás"), a vegyszerek kezelése.

Japán élenjáró ország az új, környezetbarát technológiák fejlesztésében. Ezeknek mára a gazdasági jelentősége is nagy, exportálható árut jelentenek.

Nemzeti parkjai

Hokkaido

• Rishiri-Rebun-Sarobetsu Nemzeti Park
• Shiretoko Nemzeti Park
• Daisetsuzan Nemzeti Park
• Akan Nemzeti Park
• Kushiro Shitsugen Nemzeti Park
• Shikotsu-Toya Nemzeti Park

Tohoku

• Towada-Hachimantai Nemzeti Park
• Rikuchu Kaigan Nemzeti Park
• Bandai-Asahi Nemzeti Park

Kantō

• Nikkō Nemzeti Park
• Oze Nemzeti Park
• Chichibu Tamakai Nemzeti Park
• Joshinetsu Kogen Nemzeti Park
• Ogasawara Nemzeti Park
• Fuji-Hakone-Izu Nemzeti Park

Chūbu

• Chūbu-Sangaku Nemzeti Park
• Hakusan Nemzeti Park
• Minami Alps Nemzeti Park

Kansai

• Ise-Shima Nemzeti Park
• Yoshino-Kumano Nemzeti Park

Chūgoku & Shikoku

• San-in Coast Nemzeti Park
• Daisen-Oki Nemzeti Park
• Setonaikai Nemzeti Park
• Ashizuri-Uwakai Nemzeti Park

Kyūshū

• Saikai Nemzeti Park
• Unzen-Amakusa Nemzeti Park
• Aso Nemzeti Park
• Kirishima-Yaku Nemzeti Park

Okinawa

• Iriomote Nemzeti Park

Természeti világörökségei

Az UNESCO a természeti világörökségek listájára vette:

• Jakusima - ősi cédruserdő;
• Sirakami-szancsi - bükkös;
• Siretoko-félsziget.